Η κεντρική διοίκηση του ΕΚ "Αθηνά" ασκείται από τη Γενική Διεύθυνση, με τον κ. Γιάννη Εμίρη στη θέση του Γενικού Διευθυντή. Ο σχεδιασμός, η λήψη και ο έλεγχος όλων των αποφάσεων που αφορούν την λειτουργία του ΕΚ "Αθηνά" έχει ανατεθεί στο Διοικητικό Συμβούλιο.
Σύμφωνα με την τελευταία ανασυγκρότησή του, το ΔΣ του ΕΚ "Αθηνά" αποτελείται από τα εξής μέλη:
 
  • Γιάννης Εμίρης, Γενικός Διευθυντής του ΕΚ "Αθηνά", ως Πρόεδρος
  • Βασίλης Κατσούρος, Διευθυντής του Ινστιτούτου Επεξεργασίας του Λόγου (ΙΕΛ) του ΕΚ "Αθηνά", ως μέλος
  • Μίνως Γαροφαλάκης, Διευθυντής του Ινστιτούτου Πληροφοριακών Συστημάτων (ΙΠΣΥ) του ΕΚ "Αθηνά", ως μέλος
  • Γρηγόριος Σταϊνχάουερ, Εκπρόσωπος των Ερευνητών και Ειδικών Λειτουργικών Επιστημόνων του ΕΚ "Αθηνά", ως μέλος, με αναπληρώτρια τη Σταυρούλα Φωτεινέα
  • Βασιλική Παναγοπούλου, Εκπρόσωπος του τακτικού Ειδικού Επιστημονικού – Τεχνικού - Διοικητικού Προσωπικού του ΕΚ "Αθηνά", ως μέλος, με αναπληρωτή τον Αναστάσιο Πατρικάκο