Η κεντρική διοίκηση του ΕΚ Αθηνά ασκείται από τη Γενική Διεύθυνση, με Γενικό Διευθυντή τον κ.Γιάννη Ιωαννίδη, καθηγητή στο ΕΚΠΑ. Ο σχεδιασμός, η λήψη και ο έλεγχος όλων των αποφάσεων που αφορούν την λειτουργία του ΕΚ Αθηνά έχει ανατεθεί στο Διοικητικό Συμβούλιο.

Σύμφωνα με την τελευταία ανασυγκρότησή του το ΔΣ του ΕΚ Αθηνά αποτελείται από τα εξής μέλη:

  • Γιάννης Ιωαννίδης, Γενικός Διευθυντής του ΕΚ "Αθηνά", ως Πρόεδρος
  • Βασίλειος Κατσούρος, Ερευνητής Α', Διευθυντής του Ινστιστούτου Επεξεργασίας του Λόγου, ως Αντιπρόεδρος
  • Δημήτριος Σερπάνος, Διευθυντής του Ινστιτούτου Βιομηχανικών Συστημάτων του ΕΚ "Αθηνά", ως μέλος
  • Μίνως Γαροφαλάκης, Διευθυντής του Ινστιτούτου Πληροφοριακών Συστημάτων του ΕΚ "Αθηνά", ως Μέλος
  • Γεώργιος Παυλίδης, εκπρόσωπος των Ερευνητών & Ειδικών Λειτουργικών Επιστημόνων (Ε.Λ.Ε.), ως μέλος
  • Παναγοπούλου Βασιλική, εκπρόσωπος του τακτικού Ειδικού Επιστημονικού – Τεχνικού – Διοικητικού Προσωπικού, ως μέλος, με αναπληρωτή τον Αναστάσιο Πατρικάκο
  • Πολυτίμη Σακελλαρίου, εκπρόσωπος του Υπουργείου Ανάπτυξης & Επενδύσεων