Η κεντρική διοίκηση του ΕΚ "Αθηνά" ασκείται από τη Γενική Διεύθυνση, με Γενικό Διευθυντή τον κ. Γιάννη Ιωαννίδη, καθηγητή στο ΕΚΠΑ. Ο σχεδιασμός, η λήψη και ο έλεγχος όλων των αποφάσεων που αφορούν την λειτουργία του ΕΚ "Αθηνά" έχει ανατεθεί στο Διοικητικό Συμβούλιο.
Σύμφωνα με την τελευταία ανασυγκρότησή του το ΔΣ του ΕΚ Αθηνά αποτελείται από τα εξής μέλη:

 

  • Γιάννης Ιωαννίδης, Γενικός Διευθυντής του ΕΚ "Αθηνά", ως Πρόεδρος
  • Βασίλειος Κατσούρος, Διευθυντής του Ινστιτούτου Επεξεργασίας του Λόγου (ΙΕΛ) του ΕΚ "Αθηνά", ως Αντιπρόεδρος
  • Δημήτριος Σερπάνος, Διευθυντής του Ινστιτούτου Βιομηχανικών Συστημάτων (ΙΝΒΙΣ) του ΕΚ "Αθηνά", ως μέλος
  • Μίνως Γαροφαλάκης, Διευθυντής του Ινστιτούτου Πληροφοριακών Συστημάτων (ΙΠΣΥ) του ΕΚ "Αθηνά", ως μέλος
  • Γρηγόριος Σταϊνχάουερ, Εκπρόσωπος των Ερευνητών και Ειδικών Λειτουργικών Επιστημόνων του ΕΚ "Αθηνά", ως μέλος, με αναπληρώτρια τη Σταυρούλα Φωτεινέα
  • Βασιλική Παναγοπούλου, Εκπρόσωπος του τακτικού Ειδικού Επιστημονικού – Τεχνικού - Διοικητικού Προσωπικού του ΕΚ "Αθηνά", ως μέλος, με αναπληρωτή τον Αναστάσιο Πατρικάκο